در اوان ۹ سالگی پدر را از دست داد و بر اساس وصیت پدر تحت نظارت حاج شیخ حسنعلی اصفهانی نخودکی- که با پدرش عقد اخوت داشت- و تربیت مادر که مشهور به مواظبت بر دعا و مداومت عبادت بود، قرارگرفت. در ۱۳ سالگی به دلیل علاقه زیاد به علوم اسلامی وارد حوزه علمیه مشهد شد و در مسیر دانشوری، نزد شیخ حسنعلی اصفهانی نخودکی، شیخ هاشم قزوینی و میرزا مهدی اصفهانی کسب علم نمود. پس از فوت استاد خویش میرزا مهدی اصفهانی در مشهد قریب به ۴۰ سال تدریس خارج فقه و معارف دینی پرداخت. سالیان متمادی با میرزا جواد آقا تهرانی هم درس و بحث بود. کتاب «تنبیهات حول المبدأ و المعاد» خلاصه ای از درس های معارف اوست در دوره های متعدد به تدریس آنها پرداخته بود.

دو مدرسه علمیه بعثت و سعادت توسط ایشان تأسیس شد و در مدرسه میرزا جعفر، مسجد حاج ملاهاشم و مسجد ملاحیدر امامت جماعت را به عهده داشت و نمازهایش، از دیرباز مورد استقبال مجاوران و زائران و محل اجتماع بود. هرروز به حرم حضرت امام رضا (ع) مشرف می‌گردید و تا آخر عمر با وجود کهولت سن و ضعف بنیه این رسم را ترک نکرد. در سی سالگی با یکی از خویشاوندان مادری ازدواج کرد و ثمره آن هفت پسر و سه دختر بود. فرزندان و دامادها و بیشتر نوه های ایشان از مدرسان سطوح عالی و خارج فقه و اصول در حوزه علمیه مشهد می باشند. روز دوازدهم فروردین سال ۱۳۴۲ همراه با چند نفر دیگر با ارسال تلگراف به آیت الله گلپایگانی ضمن بیان مراتب تأثر خود نسبت به حادثه دلخراش فیضیه، مخالفت خود را با سیاست های دینی و فرهنگی شاه اعلام نمودند. شب ۲۷ فروردین سال ۴۳ در پی آزادی امام خمینی و بازگشت ایشان از تهران به قم، همراه با متجاوز از ۴۰ نفر از طلاب و بازاری های مشهد عازم قم شدند و با امام خمینی دیدار نمودند. با تبعید امام خمینی در ۱۳ آبان ۱۳۴۳ به ترکیه، در پی اعتراض ایشان به کاپیتولاسیون همراه با مدرسین برجسته دیگر حوزه، در منزل آیت الله هادی میلانی حضور یافتند و پس از مذاکره و تبادل نظر تصمیم جدی برای مبارزه با رژیم و خنثی کردن سیاست هایش گرفتند. در جریان زلزله خونبار جنوب خراسان که سال ۱۳۴۷ اتفاق افتاد و در پی آن شهرهای کاخک و فردوس با خاک یکسان شدند و بیش از ۱۶۰۰۰ نفر جان باختند، همراه آیت الله خامنه ای، طبسی و هاشمی نژاد به حمایت از مردم زلزله زده جنوب خراسان برخاست.همراه میرزا جواد آقا تهرانی و شهید هاشمی نژاد در ۱۹ خرداد ۵۴ در اعتراض به عملکرد رژیم و پشتیبانی از مبارزه حوزه قم و اعلان انزجار از دستگیری طلاب مدرسه های فیضیه و دارالشفا، درس خود را تعطیل نمود. او عضو شورایی بود که در بیت آیت الله سید عبدالله شیرازی در خصوص مسائل مهم سیاسی، اجتماعی و انقلابی تصمیم گیری می کردند. کمتر اعلامیه گروهی است که در روزهای سرنوشت ساز انقلاب در مشهد از سوی علمای حوزه صادر شد و نام و امضای وی در پای آن نباشد. درحرکت های اعتراض آمیز علما نیز در همه رویدادهای مهم مشارکت جدی داشت. سرانجام در سن ۹۶ سالگی شامگاه ۱۴ مهر ۱۳۸۳ پس از قرائت زیارت عاشورا و آل یس، در پی سکته قلبی از این دیار رخت بر بست. پیکر ایشان در رواق دارالسرور حرم مطهر رضوی به خاک سپرده شد. رهبر معظم انقلاب در پیام خود آورده است: «درگذشت عالم ربانی و عبد صالح آیت الله آقای حاج میرزا حسنعلی مروارید (طاب ثراه) را به حضرت بقیه الله ارواحنا فداه و نیز به علماء اعلام و حوزه ی علمیه و عموم مردم متدین و وفادار مشهد مقدس و به ویژه به فرزندان مکرم و معزز و دیگر افراد خاندان محترم ایشان صمیمانه تسلیت عرض می کنم.»