تحصیلات مقدماتی را اردبیل به انجام رسانید و برای ادامه تحصیل به زنجان رفت و از محضر ملا قربانعلی زنجانی و ملا سبز علی حکیم استفاده نمود. سپس عازم نجف شد و همزمان با پیگیری جریان نهضت مشروطه در خدمت آخوند خراسانی، فاضل شریبانی، سید محمدکاظم یزدی و شیخ الشریعه اصفهانی، علم آموخت.

پس ازآن به کربلا سفر کرد در حوزه میرزا محمدتقی شیرازی رهبر نهضت علمای عراق علیه اشغالگری انگلیسی، شرکت کرد و مورد توجه و وثوق ایشان قرار گرفت. رسیدگی به امور طلاب علوم دینی از سوی میرزا به وی واگذار شد. بر اثر درد چشم به اردبیل بازگشت و در مدت هفت سال اقامت در این سامان به تدریس فقه و اصول، اقامه جماعت و رسیدگی به امور شرعی و مسائل اجتماعی مردم روی آورد. او برای ساماندهی به مسائل فرهنگی، تقویت هویت مذهبی و احیای ارزش‌های الهی تمام توان خود را به کار گرفت و فریضه مهم امربه معروف و نهی از منکر را درعمل زنده کرد و در حد مقررات و شرایط و مقتضیات زمان، زمینه های لازم را برای احیای آن فراهم ساخت. او که بزرگترین مانع برای اجرای قوانین و ضوابط اسلامی را رژیم پهلوی میدید، اولویت نخست خود را به ستیز با ستم رضاخانی اختصاص داد وچون حکومت پهلوی نظام قضایی را متمرکز و از مشی اسلامی جدا ساخته بود، حاضر نشد تحت حکومت سلطان ستم به حل وفصل دعاوی بپردازد. بعدازآنکه دو مرجع بلند پایه آن منطقه درباره تغییر لباس و بر سر گذاشتن کلاه شاپو و وقایع وقاحت آمیز شیراز اعتراض کردند و قیام تحت رهبری روحانیون سرکوب گردید، و این دو تبعید شدند، ماهیت ضد دینی رضاخان را افشا کرد و با اقدامات وقیحانه اش به مقابله برخاست. در قیام آذربایجان نقش مؤثر و درعین حال پنهانی داشت، لذا حتی زادگاهش برای وی منطقه ای امن نبود. ازاین رو تصمیم گرفت اردبیل را به قصد اقامت در مشهد مقدس ترک گوید. به مشهد آمد و به تدریس و اداره امور دینی شهر پرداخت. در جریان کشف حجاب بیت او خانه پایداری گردید و ارسال تلگراف ۲۱ نفری علمای برجسته مشهد خطاب به رضاخان و اعزام حاج آقا حسین قمی به تهران در خانه ایشان برنامه ریزی شد. پس از کشتار فجیع گوهرشاد آخرین جلسه علمای مبارز خراسان در بیت او واقع شد. امام خمینی بارها شخصیت ممتاز وی را ستود و او را در زمره مراجع مبارز اخیر شیعه و مایه افتخار معرفی کرد. در فرازی از بیانات امام آمده است:«قیام خراسان را کی کرد؟ علمای خراسان، مرحوم آمیرزا یونس و مرحوم آقازاده و امثال این ها… مرحوم آقازاده و مرحوم آسید یونس، سایرعلمای آن‌وقت، همه را گرفتند و آوردند در حبس در تهران. من خودم مرحوم آمیرزا محمد آقازاده را دیدم که یک جایی نشسته بود بدون عمامه… تحت مراقبت بود… قیام هایی از این طبقه (روحانیت و علمای شیعه) دیده ایم در مقابل رضاشاه، آن‌وقت که آمد کودتا کرد… قیامی که از خراسان شد که همه علمای خراسان را که قیام کرده بودند گرفتند و بردند در زندان مثل مرحوم آسید یونس و… دیگران و… » یک سال پیش از فوت به نجف اشرف سفر کرد و مورد استقبال جامعه روحانیت و توده های مردم قرار گرفت و به تقاضای بزرگان حوزه خارج فقه برخی از بحث های ضروری را مطرح کرد. سرانجام با حالت مریضی به تهران عزیمت کرد، تا اینکه در ۸۴ سالگی در تاریخ ۳۰ اردیبهشت ماه سال ۱۳۳۷ رحلت و پیکرش در دارالسعاده حرم مطهر رضوی گردید. آثار و کتبی چند نیز از وی به یادگار مانده است.